Sepasang peneliti tetap tinggal di planet Eltria yang sedang sekarat bersama dua putri mereka, Amitie dan Kirie, dengan harapan menemukan cara untuk menghidupkan kembali planet ini. Tetapi ketika sang suami Granz jatuh sakit, tampaknya impian mereka untuk menghidupkan kembali planet ini akan mati. Melawan keinginan kakak perempuannya, Kirie berangkat dengan teman masa kecilnya Iris untuk mencari bantuan dari dimensi lain yang jauh. Mereka tiba di Jepang di Bumi untuk mencari kunci kehidupan planet mereka. Di sana, mereka bertemu Nanoha, Fate, dan Hayate.