Film ini mengikuti Saori Kido yaitu seorang gadis muda yang terganggu oleh kekuatan misterius. Dia diselamatkan oleh Pegasus Seiya (Bronze Saint) dari seorang pembunuh yang telah dikirim untuk membunuhnya.
Itu merupakan pelajaran untuk Saori, bahwa dia merupakan reinkarnasi dari Dewi Athena (Goddess Athena) dengan Seiya yang menjadi salah satu dari 88 Saints nya. Melalui kejadian tersebut Saori menyadari tentang takdir dan misinya hingga memutuskan untuk pergi ke Sanctuary dengan Seiya dan company-nya dari Bronze Saints untuk melawan Pope.
Seiya, bersama rekannya yaitu Bronze Saints, Cygnus Hyōga, Dragon Shiryū, Andromeda Shun dan Phoenix Ikki harus melewati dua belas Zodiac Temples di Athena’s Sanctuary dalam waktu dua belas jam untuk menyelamatkan dewi Athena dari kematian yang sudah dekat. Mereka harus menghadapi salah satu dari dua belas Gold Saints yang menjaga pada setiap kuil untuk mencapai kesembuhan yang akan menyelamatkan Athena….