Di film ini menceritakan tentang petualangan Satoshi dkk. bersama dengan orang-orang dari Suku Air Grup Teater Marina. Satoshi dkk. bersama orang-orang dari Suku Air, dan seorang Pokémon Ranger coba menuntun Pangeran Laut Manaphy yang baru terlahir untuk menuju ke Kuil Laut, Akusha. Namun, di tiap perjalanan mereka selalu dihadang oleh Tim Rocket dan juga pasukan Bajak Laut Phantom. Akan jadi seperti apakah petualangan Satoshi dkk. serta Manaphy ke Kuil Laut? Apakah mereka akan berhasil membawa Manaphy ke Kuil Laut dan mengamankan Mahkota Laut?
