Seorang mata-mata menyusup ke Badan Kepolisian Nasional Jepang, dan dia mengambil sejumlah file rahasia dari berbagai badan intelijen agen rahasia seperti MI6 (Inggris), BDN (Jerman), dan CIA (Amerika) dan FBI. Setelah itu, mata-mata mencuri mobil dan melarikan diri. Rei Furuya dan rekan-rekan polisinya langsung mengejar si mata-mata yang kabur dengan mobil curiannya tersebut. Pelarian si mata-mata itu pun berakhir ketika mobil yang dikendarainya terguling setelah ditembak dengan sniper oleh agen FBI Shuichi Akai. Keesokan harinya, Conan dan teman-temannya pergi ke sebuah wahana akuarium yang baru saja selesai direnovasi. Saat naik wahana, komedi putar raksasa, Conan melihat seorang wanita yang duduk sendirian dan dalam keadaan terluka. Wanita itu juga memiliki warna mata kiri dan kanan yang berbeda. Tapi saat ditanya, wanita itu tampaknya menderita amnesia begitu parah, dia bahkan tidak ingat namanya sendiri, dan telepon gengamnya juga rusak. Conan dan teman-temannya berjanji untuk membantunya mendapatkan kembali kenangan si wanita tersebut. Sejak itu, sang wanita asing itu tinggal bersama Conan. Vermouth adalah dalang di belakang layar dari setiap peristiwa yang terjadi. Conan dan kawan-kawannya pun berada di bawah pengawasan Vermouth.
