Setelah mendapatkan ikat kepala Nomor Satu, yang memberitahunya untuk menjadi yang terbaik dari semua prajurit, Afro menghabiskan sebagian besar waktunya dengan damai, meskipun malam-malam yang dipenuhi mimpi buruknya tidak begitu tenang. Crescendos hidupnya menjadi kacau sekali lagi saat Jinno dan Sio, mantan teman-temannya sejak dulu, mengambil ikat kepala dari dia, juga sisa-sisa ayahnya. Ditantang oleh Sio untuk tidak mengenakan ikat kepala Nomor Dua lagi dan membalas dendam pada mereka atas tindakan mereka, Afro memulai perjalanan lain sebagai pemakainya ikat kepala tersebut – barang yang bisa dibunuhnya siapa saja.
Afro Samurai: Kebangkitan mengikuti Afro saat dia bertarung dalam serangkaian pertempuran kedua melawan segala macam musuh, mengarungi lautan mayat di belakangnya sehingga dia sekali lagi dapat memuaskan rasa hausnya yang tak henti-hentinya untuk membalas dendam.
