1
Natsume yang sibuk berurusan dengan para Yokai bertemu dengan mentan teman sekelasnya, Yuki yang mengingatkan dengan kenangan menyakitkan dengan seorang Yokai. Selain itu Natsume juga bertemu dengan Yorie Tsumura, seorang wanita dari ingatan Yokai yang telat ia kembalikan namanya. Yorie tahu tentang neneknya Reiko, dan sekarang dia menjalani hidup yang damai dengan anaknya, Mukuo. Menghabiskan waktu bersama keluarga ini membuat Natsume merasa nyaman, Tapi ternyata ada Yokai yang berniat jahat ke kota tempat tinggal mereka.
Saat kembali dari perjalanan menyelidiki Yokai, “Benih Yokai” yang menempel pada Nyanko-sensei jatuh di kebun keluarga Fujiwara dan hanya dengan satu malam tumbuh menjadi pohon buah. Pohon itu berbuah mirip dengan bentuk Nyanko-sensei dan saat dia memakan buah itu, Nyanko-sensei terbelah menjadi 3!