1
Tahun 2314 adalah AD , dua tahun setelah pertempuran besar terakhir Celestial Being dan dunia menghadapi krisis baru . Sebuah kapal eksplorasi Jupiter terlantar , ditinggalkan 130 tahun yang lalu , telah meninggalkan orbitnya dan mendekati Bumi . ESF juga telah mulai memanfaatkan kekuatan Innovator melalui Descartes Shaman . Eksposur di dunia untuk GN Partikel telah mengakibatkan banyak orang sebagai kebangkitan Benar Innovator . Menyadari manfaat militer orang tersebut , Federasi Sphere Bumi sudah mulai penelitian Inovasi dan mengeksploitasi kemampuan Innovator muncul ‘ . Sebagai Celestial Being dan Meisters Gundam nya memulai misi terakhir mereka untuk menyelamatkan manusia dari ancaman yang tak terbayangkan , yang Extraterrestrial Living -metal Shape – shifter ( ELS ) , Gundam Meister Setsuna F. Seiei adalah untuk menemukan tujuan sebenarnya dari evolusi sebagai seorang Innovator dan sifat dari ” dialog ” yang rencana Aeolia Schenberg telah menyiapkan umat manusia .