Film ini diatur di negara-of-the-art Aegis kapal dengan kerja sama penuh dari kehidupan nyata Jepang Departemen Pertahanan dan Maritim Bela Diri Angkatan. Mayat anggota Bela Diri Angkatan ditemukan – minus lengan kiri – dan mata-mata telah menyusup ke kapal Aegis. Pahlawan Ran dimasukkan dalam bahaya, dan Conan dipaksa untuk berdiri melawan berbahaya Spy “X.”
