Beberapa tahun berlalu sejak seorang anak laki-laki di Amerika kehilangan Digimonnya, Digimon virus yang jahat berhasil menculik beberapa anak terpilih. Teman-temannya yang lebih muda dan patner digimon mereka harus segera menemukan sumber masalah tersebut, yang mungkin dapat memecahkan misteri yang terpendam selama beberapa tahun.