Film ini berlangsung setelah serial Adventure berakhir. Ini dimulai ketika Telur Digimon baru ditemukan di internet, dan berhasil menembus hampir di semua sistem komputer di Jepang. Saat telur menetas, itu diidentifikasi sebagai jenis baru Digimon, tipe Virus. Ini menopang dirinya dengan menyantap data dari berbagai sistem, dan mulai mendatangkan havok di Jepang. Karena mengkonsumsi lebih banyak data, terus berkembang. Dan Taichi dan Koushiro memutuskan sudah waktunya menghentikannya.
Mereka pergi, mengirim Agumon dan Tentomon melalui internet untuk melawan musuh baru ini. Tapi, dengan sistem pengendalian Virus seperti militer Amerika, terlalu cepat, ancaman digital ini bisa menjadi sangat nyata. Memanggil bantuan Yamato dan Takeru, mereka berharap bisa menghentikan apa yang telah dimulai, dan mungkin menyelamatkan dunia ini untuk kedua kalinya.
