Dunia maya diciptakan oleh jaringan masa kini yang disebut “Dunia Digital”. “Digital Monster”, yang merupakan objek kehidupan digital, lahir, dan komputer host Yggdrasil mengelola berbagai area Dunia Digital. Namun, ia mengembangkan Program X yang takut untuk menghilangkan semua Digimon di dunia lama dan mengembangkan Dunia Digital baru hanya untuk Digimon tertentu … Sekarang, krisis terbesar yang pernah mendekati Dunia Digital.
X-Digimon, jenis baru Digital Monster, diburu oleh Royal Knights yang melindungi Dunia Digital. Master mereka, pengawas jaringan Yggdrasil, berusaha untuk mengarahkan Project Ark untuk memperbarui Dunia Digital dan menciptakan Digimon baru, namun dengan biaya semua kehidupan digital lainnya. X-Digimon baru ini akan mencari jawaban atas keberadaannya sendiri saat ia mencoba melindungi kehidupan Digimon, dan dalam prosesnya akan mengubah Dunia Digital selamanya.
