Cerita ini terjadi di sebuah pulau, di mana “Fractale System” mulai runtuh. Suatu hari, Clain menemukan seorang gadis yang terluka bernama Phryne di bawah tebing. Dia menghilang meninggalkan liontin. Clain melakukan perjalanan dengan gadis berbentuk avatar Nessa untuk mencari Phryne dan menemukan rahasia Sistem Fractale.
