Infinite Stratos (IS), sebuah sistem exoskeleton weaponized, telah menjadi alat dominan peperangan dan konflik. Sayangnya untuk laki-laki dalam masyarakat, hanya perempuan yg mampu mengoperasikan Infinite Stratos … dengan sedikit pengecualian. Salah satu pengecualian adalah ORIMURA Ichika, seorang yatim piatu yang diangkat oleh kakaknya yang dirinya sendiri yang terkenal sebagai pilot IS . Ketika kompatibilitas dengan IS ditemukan setelah ia tanpa sengaja menyentuh IS pada usia 15, dia diberikan beasiswa dan terdaftar di sekolah yang mengkhususkan diri dalam pelatihan pilot IS. Yang tentu saja berarti … menarik kehidupan anak ini untuk dikelilingi oleh gadis-gadis, pemalu sederhana.