Jepang direkayasa oleh armor tenaga bersenjata “Infinite Stratos” (IS) dan menjadi perfasilitasan utama. Karena hanya perempuan yang dapat mengendarai IS, perempuan mendominasi masyarakat di atas laki-laki. Orimura Ichika adalah seorang anak berusia 15 tahun dan tidak sengaja berhubungan kontak dengan sebuah IS dan kemudian di pindahkan ke sekolah pelatihan Pilot IS. Dia menjadi satu-satunya lelaki yang dapat mengendarai IS. kesibukan Ichika yang terjadi akan segera dimulai.
