Senou Natsuru adalah seorang anak laki-laki normal sampai suatu hari ia terbangun dengan sebuah gelang aneh di pergelangan tangannya dan ia bisa berubah menjadi seorang anak perempuan. Dalam kebingungannya, ia juga terkejut ketika mengetahui boneka Harakiri Tora miliknya tiba-tiba bisa berbicara dan menjelaskan bahwa dirinya terpilih menjadi Kämpfer, dan harus bertarung dengan Kämpfer lainnya. Boneka ajaib tersebut ia dapatkan dari temannya sekaligus orang yang disukainya, Kaede Sakura.
Ketika sedang dalam perjalanan ke sekolah, Natsuru bertemu dengan Kämpfer lain yang ternyata adalah Mishima Akane, teman sekolah yang menyukai dirinya (dalam wujud asli, laki-laki). Dari Akane dan bonekanya, Seppuku Kuro Usagi, Natsuru mengetahui bahwa ada beberapa macam Kämpfer, yaitu menggunakan senjata tajam, senjata api, dan Natsuru sendiri menggunakan kekuatan magis. Akane dan Natsuru mempunyai warna gelang yang sama, itu berarti mereka berada dalam kelompok Kämpfer yang sama, dan lawan mereka adalah Kämpfer dengan gelang merah.
