Januari 1999, penyihir yang masih belajar Azaka Kokutou, adik Mikiya, telah diperintahkan oleh pengajarnya, Touko Aozaki, untuk menyelidiki kejadian aneh di mana peri dapat mencuri kenangan siswa di sekolah tempat Azaka belajar, Akademi Reien. Azaka melakukan penyelidikan dengan bantuan Shiki.
