Kelanjutan dari serial utamanya dan menceritakan Aqours yang akan masuk ke sekolah barunya. Sementara anak kelas satu dan dua mengalami masalah yang tak terduga, anak kelas ketiga malah menghilang secara misterius dalam perjalanan kelulusan mereka. Para gadis itu mulai menyadari nilai persahabatan mereka saat mereka berusaha mencari solusi untuk berbagai masalah mereka.