Apa yang dimulai sebagai sebuah program bantuan yang sederhana telah meningkat gila-gilaan di luar kendali, dan sekarang Medaka Kurokami menemukan dirinya terkena sebagai sesuatu yang jauh lebih banyak daripada manusia. Tapi itu hanya awal dari seri baru wahyu mengejutkan yang mengarah terhadap rencana rahasia gelap yang bahkan tidak kuasa luar biasa dari dirinya War God Mode mungkin mampu menahan. Namun, Medaka yang terbukti baik dalam berpikir di luar kotak, dan jika dia membutuhkan dukungan penuh dari setiap sumber daya tersembunyi dari Dewan Mahasiswa untuk memenuhi tantangan tersebut, maka itulah yang dia akan mendapatkan. Bahkan orang-orang abnormal!