Universal Century 0096. Beberapa bulan telah berlalu sejak insiden di sekitar kotak Laplace juga dikenal sebagai Piagam Century Universal. Pasukan Federasi Bumi mengirim sekelompok penyelidik ke Sumbu terputus yang melayang di luar Earth Sphere. Dua warga sipil berpartisipasi sebagai anggota kelompok penelitian: Arlette Almage dan Danton Hyleg. Keduanya memiliki masa lalu dengan layanan pemerintah untuk Principality of Zeon dan Neo Zeon sebagai insinyur dan pilot uji. Setelah menyusup ke Axis, para penyelidik diserang di dalam sebuah pangkalan di mana tidak ada seorang pun. Arlette dan Dalton dihadapkan dengan sebuah insiden yang tidak pernah mereka bayangkan.
