Gundam NT menceritakan dunia setelah Laplace Box dibuka dan rahasia Newtype terbongkar, namun tidak ada perubahan yang berarti di dunia. Sisa pasukan Neo Zeon sudah musnah dan pertempuran antara 2 Psycho Frame misterius dilupakan oleh publik. Namun RX-0 Unicorn 03, yang dilaporkan menghilang dua tahun lalu kembali muncul. Sekarang Mobile Suit tersebut dijuluki Phenex, sang burung abadi.
