Setelah ditangkap karena berusaha membunuh pemimpin dari Kumogakure, Raikage, dan membunuh Jounin dari Kirigakure dan Iwagakure, Naruto dipenjarakan di Houzukijou, fasilitas penahanan pidana juga dikenal sebagai Blood Prison. Pemimpin benteng, Mui, menggunakan jutsu penjara utama untuk mencuri daya dari tahanan. Di tempat ini, sesuatu yang bertujuan untuk kehidupan Naruto. Pertempuran untuk membuktikan dia tidak bersalah dan mengungkap kebenaran telah mulai untuk Naruto dan teman-temannya.