Takashi Natsume terus mengembalikan nama-nama roh-roh yang telah tertulis dalam “Kitab Teman” yang diwariskan dari neneknya, Natsume Reiko. Sementara Natsume masih dibantu oleh Nyanko-sensei, dia sekarang dibantu oleh beberapa teman-teman yang dalam perjalanannya, baik itu manusia atau roh. Saat ia menjadi lebih dekat dengan keduanya, Natsume menghadapi pertanyaan yang tak terelakkan dari sisi ia harus mengambil terutama ketika ada konflik antara keduanya.