Cerita ini berkisah Millennium Comet, yang muncul di langit malam selama tujuh hari sekali setiap seribu tahun. Hal ini, pada saat yang sama, ketika Pokemon legendaris Jirachi terbangun dari tidur panjang untuk menyerap energi komet. Energi ini, pada gilirannya, dilepaskan ke bumi itu sendiri, membuat daerah yang dikenal sebagai FORINA tumbuh. Kali ini, bagaimanapun, seorang penyihir yang dikenal sebagai Butler, bersama dengan pacar lamanya Diane, menggali batu yang terbungkus Jirachi, dan mengambilnya dari FORINA.