Sebuah meteorit misterius meluncur ke bumi. Selama masuknya ke atmosfer, hampir luka Rayquaza, wali langit tinggal di lapisan ozon. meteorit menabrak zona polar, mengungkapkan dua benda berbentuk telur. Telur ungu meregenerasi menjadi Deoxys dan mengambil telur hijau. Rayquaza turun dari lapisan ozon untuk melawan penjajah (percaya itu menjadi musuh). Pertempuran terjadi kemudian, menghancurkan sebuah situs penelitian di dekatnya dan menimbulkan trauma seorang anak muda Tory (Tou’i), takut dengan injak Spheal, Sealeo, dan Walrein.
