Menceritakan tentang kelanjutan perjalanan Satoshi/Ash dkk dari Film sebelumnya. Dua dimensi, ruang & waktu, yang seharusnya tak bertemu terjadi tubrukan, pertarungan Dialga dan Palkia ini menyebabkan Dunia Kebalikan yang dikuasai Giratina menjadi kotor. Giratina yang marah menarik Dialga ke dunianya, pokémon tanda terima kasih Shaymin juga ikut tertarik ke Dunia Kebalikan.