Di tahun 2025, sebuah makhluk yang dikenal dengan sebutan Kikou tiba-tiba muncul dan menyerang umat manusia, menyebabkan porak poranda peradaban umat manusia. Kemudian ditemukan potongan Kikou di Jepang, dan mulai saat itu dibentuklah sebuah lembaga penelitian yang mempelajari persenjataan Kikou yang disebutTokyo Kikou Institute (Toukigen). Dengan sebuah ungkapan “gunakan racun untuk mengalahkan racun” (gunakan Kikou untuk melawan Kikou), perlawanan terhadap Kikou pun dimulai. Dan dari sinilah harapan terakhir umat manusia digantungkan. Sembilan tahun kemudian, sebuah senjata baru yang dinamakan Muttsu ditemukan juga dari satu lembaga penelitian yang sama. Dan senjata baru tersebut hampir sepenuhnya siap digunakan dalam pertempuran. Seorang anak laki-laki bernama Rin Sagami, dan seorang gadis perempuan bernama Yuzuru Midou dipilih untuk menjadi pilot Muttsu. Dengan keberanian dan harapan besar mereka pun terjun ke dalam misi pertempuran melawan Kikou. Tapi Di depan sana sebuah bahaya besar yang tak bisa dibayangkan sedang menunggu mereka berdua.
