Setelah insiden frontier, semua orang yang mengetahui keadaannya percaya jika Noise sudah hilang dan rasa sakit yang mereka buat telah berakhir. Tapi muncul konflik baru yang tak terlihat. Di pelabuhan Yokohama Oosan-bashi, ditemukan sesuatu yang baru mirip dengan Noise. Sebuah kelompok tempur dengan teknologi misterius muncul di hadapan Hibiki dan yang lainnya. Saat ia mengetahui musuh ini tidak normal, Tsubasa langsung pulang dari Inggris. Tapi pengguna Senki Zesshou Symphogear tidak sanggup melawannya dan terjadilah pertarungan yang sengit. Di situasi extrim seperti ini, pertarungan untuk sebuah lagu yang akan mengakhiri dunia dimulai.