Under the Dog adalah anime Sci-Fi yang terjadi pada kota Tokyo pada tahun 2025, 5 tahun setelah serangan teroris khusus pada tahun 2020 di Olimpiade Tokyo. PBB telah membentuk cabang pasukan rahasia di Tokyo untuk mencari para teroris dan setiap koneksi mereka. Sekolah internasional didirikan untuk merekrut siswa SMA berbakat dengan kemampuan khusus dan mendaftarkan mereka ke dalam skuad elit. Untuk memastikan bahwa setiap anggota skuad tidak berkhianat, orang yang mereka cintai ditahan dengan bom mikro sehingga jika agen keluar dari skuad maka orang yang mereka cintai akan dibunuh. ucapan dan tindakan Agen juga terus dipantau melalui sebuah chip pada otak mereka.