Berkisah tentang Fleet of Mist, armada kapal perang yang misterius dan pada setiap kemunculannya disertai kabut tebal. Armada yang tidak diketahui asal usulnya ini menghancurkan kebebasan manusia untuk berlayar dilautan, baik kapal pesiar atau kapal dagang. Lalu sebuah kapal selam dengan kode I-401 membantu seorang perwira rendahan, Gunzo Chihaya untuk melawan Fleet of Mist. Kapal selam ini memiliki sosok manusia yang bernama Iona, yang membantu manusia melawan terror dilautan.
