Empat belas tahun berlalu, Shinji Ikari terbangun dari tidur panjangnya setelah secara tidak sengaja memicu Third Impact saat mencoba untuk menyelamatkan Rei Ayanami dari kematiannya, ia tidak mengingat kejadian itu, ia juga tidak bertambah tua, bumi sudah berubah menjadi puing-puing dan manusia mulai punah, konspirasi NERV terbongkar, orang- orang yang pernah ia lindungi kini berbalik menentangnya. Shinji bertemu dengan Nagisa Kaworu yang misterius, akhir dunia semakin terlihat, akankah dunia dapat terselamatkan?
[Written by MAL Rewrite]