Merupakan lanjutan dari Genshiken yang pernah tayang tahun 2006 lalu. Kali ini menceritakan tentang masa setelah Klub Otaku tersebut ditinggalkan oleh beberapa senior yang dulu sempat meramaikan Genshiken dengan fetish-nya masing-masing. Dan tanggung jawab memimpin klub itu, kini berada di tangan Ogiue; sang pembenci otaku perempuan.
