Berlangsung satu bulan setelah peristiwa yang terjadi di movie. Hidup di Sanzenin Mansion sekali lagi, Nagi kembali ke cara lama hidupnya, sampai dia menerima kabar dari pihak berwenang Amerika yang memberitahukan bahwa dia memiliki satu minggu untuk mengambil barang-barang almarhum ayahnya tidak boleh ditunda-tunda. Setelah menerima berita tentang ayahnya yang dia tidak ingat, Nagi kemudian bertemu dengan seorang gadis misterius yang mengaku sebagai adik Nagi.
Serial ini menceritakan cerita baru yang asli untuk anime dan tidak langsung didasarkan pada manga. Penulis utama dari seri ini adalah Kenjiro Hata pribadi menciptakan konsep asli untuk cerita anime ini.
(Source: Hayate no Gotoku! Wikia)
