Kamen Rider Black RX adalah versi upgrade dari Kamen Rider Black. ketika Kamen Rider Black berhasil mengalahkan Golgom, duniapun kembali damai. 5 tahun kemudian, ketika Kotaro sedang mengendarai helikopter, terjadi kecelakaan yang disebabkan makhluk luar angkasa Crisis Empire. Tujuan dari Crisis Empire adalah melenyapkan Kamen Rider Black yang menjadi penghalang mereka untuk menguasai Bumi.