Lamune bercerita tentang seorang anak bernama Kenji dan teman masa kecilnya Nanami. Meskipun, semua orang sepertinya tahu bahwa mereka memiliki hubungan, tidak bertekad untuk mendorongnya lagi dari teman-teman dekat. Cerita berlanjut melalui kilas balik, menjelaskan mengapa mereka adalah teman dekat dan seperti tindakan apapun tampaknya tidak mendorong mereka terpisah, tapi menarik mereka lebih dekat.
