AD. 2040. 30 tahun setelah peperangan besar antara manusia dengan bangsa Zentradi yang mengubah kehidupan kedua ras. Di planet Eden, sedang dilakukan uji coba rahasia yang dikenal sebagai “Supernova” untuk menggantikan Variable Fighter terbaru U.N. Spacy. Persaingan terjadi antara YF-19 yang dipiloti oleh Isamu Dyson dengan YF-21 yang dipiloti Guld Goa Bowman. Selagi persaingan antar keduanya terjadi, sebuah Idol Virtual, Sharon Apple akan melakukan konser debutnya di Eden. Sharon yang di produseri oleh Myung Fang Lone, merupakan teman masa kecil dari Isamu dan Guld. Mereka pun bertemu kembali, permasalahan muncul atas masa lalu mereka. Projek Supernova dan Sharon Apple entah bagaimana mulai membawa mereka ke hal tak terduga.
