3rd grader Takamachi Nanoha tersandung pada sebuah berbicara musang terluka setelah mendengarteriakan telepati nya untuk bantuan. Musang ternyata Yuuno, seorang arkeolog dan bijaksana dari dunia lain yang tidak sengaja tersebar Benih Jewel berbahaya di seluruh bumi. Tanpa kekuatan untuk mengumpulkan Benih Jewel, Yuuno telah kembali bentuk musang dan membutuhkan orang lain untuk mengambil tugas untuknya. Dia memberikan sebuah permata merah untuk Nanoha menjelaskan kepadanya dengan ini dia bisa mengubah dan menggunakan sihir untuk memerangi monster yang mengancam mereka karena Benih Jewel. Tapi monster adalah sedikit kekhawatiran mereka, sebagai Yuuno dan Nanoha bukan satu-satunya yang keluar untuk mengumpulkan Benih Jewel.
