300 tahun setelah becana peperangan usai. Kekuasaan yang memerintah Bumi yaitu Sphere telah digulingkan, memberikankan jalan bagi penguasa baru di dunia baru. Sementara itu, jauh di Mars, bunga apiyang memicu ancaman perang baru telah menerjang ….Tokoh utama yaituMikazuki Augus, anggota dari satuan keamanan khusus Chryse Guard Security(CGS), mengambil misi sebagai pengawal dari Kudelia Aina Bernstein, seorang gadis muda yang menggerakkan kemerdekaan Chryse dari Bumi. Namun, saat unitelit Gjallarhorn memberikan tekanan revolusioner, menyergap CGS, para petinggisengaja menggunakan Mikazuki dan anak-anak lainnya sebagai umpan untuk menutupi kemunduran mereka. Orga Itsuka, pemimpin skuad anak laki-laki,mengambil kemunduran ini sebagai motivasi untuk meluncurkan kudeta. Denganperintah dari Orga untuk menahan unit elit Gjallarhorn, Mikazuki menyerang di era Bencana Perang dengan generator yang digunakan CGS, Gundam Barbatos ….