Suatu konflik yang dimulai antara Earth Alliance [alias Naturals] dan ZAFT [alias Koordinator], yang dimulai karena masalah ekonomi jelas ragu-ragu. Kedua belah pihak tidak punya pilihan lain, dan perang pecah. 11 bulan setelah dimulai perang ini adalah ketika timeline of Gundam SEED semua dimulai. Heliopolis, sebuah koloni yang merupakan ‘netral’ koloni diseret ke dalam perang, sementara Bumi menyembunyikan rahasia mereka mobile suit di sini. Mobile suit ZAFT kekuatan penggerebekan Heliopolis dan dengan demikian mengambil semua kecuali 1 dari Gundam.
