Pada season kedua cerita berlanjut persis di mana ia tinggal sebelumnya. Profesor Itsuki Fermentasi Cellar dan laboratorium yang siap beroperasi dan dengan keahlian unik Sawaki Tadayasu untuk melihat dan berkomunikasi dengan mikroba untuk membantu, kelompok siswa Itsuki mulai memproses produk fermentasi yang berbeda seperti kecap dan sake. Penasaran bagaimana kisah selanjutnya?