Murenase! Seton Gakuen: Akademi Seton adalah sekolah yang banyak dihuni para binatang. Karena populasi manusia menurun drastis, manusia di sekolah ini lebih sedikit dibanding dengan makhluk lain. Jin Mazama, seorang pembenci binatang dan satu-satunya manusia laki-laki di kelas.
Ia suka pada Hitomi Hino, satu-satunya manusia perempuan di kelasnya. Namun, karena berbagai hal ia terlibat dengan berbagai makhluk lain di sekolahnya.