Nagi No Asukara berlatar di dunia fantasi dimana manusia yang hidup terbagi atas dua spesies(?), yaitu manusia yang tinggal di daratan dan manusia yang tinggal di lautan.Seiring dengan berjalannya waktu, sebagian manusia yang tinggal di laut mulai mencoba meninggalkan kehidupan di lautan dan bermigrasi pindah ke daratan dan tinggal di sana.
Cerita bermula saat sekolah menengah di lautan ditutup dengan alasan tertentu, sehingga membuat 4 sekawan anak lautan, yaitu: Hikari; Manaka; Kaname dan Chisaki harus melanjutkan sekolahnya di SMP yang ada di daratan.
Tentu saja mereka masih sulit beradaptasi, karena mereka memiliki Ena yang tidak boleh kering karena bisa menyebabkan mereka kesulitan untuk bernapas. Selain itu, manusia laut yang ada di darat juga sering didiskriminasi sehingga antara manusia laut dan manusia darat sulit untuk hidup berdampingan di daratan.
