Anime ini terdiri dari dua bagian; “Ishi Okashi” dan “Ayakashi Raihousha”. Dalam Ishi Okoshi, Natsume bertemu dengan youkai kecil bernama Mitsumi di hutan. Mitsumi dipercaya untuk membangunkan youkai dewa “Iwatetsu” dari tidur lelapnya. Karena cemas, Natsume pergi untuk membantu tugas Mitsumi.
Sedangkan dalam Ayashiki Raihousha, Tanuma sering bertemu dengan pengunjung misterius. Hampir setiap hari, pengunjung itu mendatanginya untuk ngobrol sebentar, lalu pergi. Natsume yang tahu kalau pengunjung itu youkai khawatir dengan Tanuma, tapi Tanuma tak mempermasalahkan pertemuannya itu. Meskipun youkai itu tak membahayakan, tapi kesehatan Tanuma perlahan mulai menurun.
