Sekarang, di tengah-tengah semua yang telah bergantung pada teknologi cybernetic, terdapat jiwa ninja-ninja jahat yang dibangkitkan kembali dari ribuan tahun yang lalu dan dilepaskan pada bayangan gelap Neo-Saitama. Kenji, adalah salaryman yang istri dan anaknya tewas akibat pertempuran ninja. Ia menipu kematian dan menjadi Ninja Slayer. Sebuah Grim Reaper yang ditakdirkan untuk memburu para ninja jahat.
