Setelah Liga Isshu Turnamen Higaki selesai, Satoshi dan kawan-kawannya melanjutkan perjalanan baru mereka menuju “Reruntuhan Putih” yang ditemukan oleh Ayah dari Professor Araragi. Reruntuhan Putih adalah tempat yang ada kaitannya dengan Reshiram sang Pokemon Legendaris. Disana, mereka bertemu dengan pemuda misterius bernama N, orang yang mengaku bisa meengerti apa yang dikatakan Pokemon.
Kemudian mereka terlibat dengan eksperimen mengerikan tentang Pokemon yang dilakukan oleh Tim Plasma! Melalui karya-karya ilmuwan misterius, Achroma, Pikachu dan Kibago menjadi jahat pada Satoshi dan kawan-kawannya!? Apa sebenarnya tujuan Ghetsis, Pemimpin Tim Plasma, yang mengungkapkan bahwa mereka mencari N?!
Lalu trio Tim Rocket kembali muncul di daerah Isshu!! Misi mereka sekarang bertentangan dengan misi Tim Plasma… Bagaimanakah hasil dari pertempuran itu?!