Mengisahkan Siswa SMA yang bernama Kyon, dia telah lama meninggalkan ketertarikannya kepada yang namanya supranatural. Namun, setelah bertemu dengan Haruhi Suzumiya, ia dengan cepat mengetahui bahwa Haruhi tertarik dengan alien, penjelajah waktu, dan esper di dunia ini. Ketika Haruhi menyesalkan tentang kurangnya klub yang ada di sekolah, lalu dia membentuk sebuah klub. Akhirnya klub yang bernama SOS terbentuk, klub yang mencari tentang supernatural.
