Mission T adalah operasi rahasia untuk menyelamatkan dunia dari kehancuran. Botan Negoro, dilatih sebagai ninja sejak kecil, ia dibesarkan untuk menjadi mata-mata hebat. Bekerja sama dengan Kuruma yang juga seorang mata-mata hebat, mereka mengemban misi untuk memulihkan warisan penemuan jenius Nikola Tesla yaitu “Pecahan Tesla”.