Sebuah kota pelajar yg dimana murid nya bisa menggunakan kekuatan super secara ilmiah, tetapi di ada dunia di mana sihir juga nyata. Tangan kanan Kamijou Touma Imagine Breaker, akan meniadakan semua sihir, psikis, atau ilahi kekuasaan, tetapi tidak nasib buruknya sendiri. Suatu hari ia menemukan seorang gadis muda yang tergantung di pagar balkon. Dia ternyata menjadi seorang biarawati dari Gereja Inggris, dan pikirannya telah ditanamkan dengan Indeks-Librorum-Prohibitorum – adalah semua teks ajaib Gereja yang telah dihapus dari peredaran.