Berlatar belakang 6 bulan setelah kejadian yang terjadi pada Original Manga Yu-Gi-Oh!, Mutou Yugi dan teman-temannya sedang membicarakan impian mereka setelah lulus dari SMA. Sementara itu, Seto Kaiba memerintahkan proses penggalian untuk menemukan Millenium Puzzle. Item tersebut adalah milik Atem, rival lamanya dan bertujuan untuk membangkitkannya demi berduel melawannya. Saat tiba di situs penggalian, dia dihadang dengan orang misterius dan mencuri dua bagian puzzle tersebut. Apa tujuan sebenarnya dari orang tersebut? < Sebenernya Duel ini berfokus pada Sultan Seto Kaiba yang belum Move On dari Atem, dan diperkenalkan juga Dimension Summon, di mana semangat menentukan status (ATK/DEF) monster yang kita miliki. Battle damage pun diganti berdasarkan status monster yang hancur. Mungkin bagi orang yang cuma nonton seri DM agak kesulitan memahami efek kartunya karena enggak dijelasin secara terperinci, terlebih di film ini banyak menampilkan support baru untuk Deck Yugi dan Kaiba, bahkan Deck Kaiba sempat memenangkan Kejuaran Dunia tahun lalu.
