Cerita ini berkisah tentang Mahiro Fuwa, seorang remaja yang keluarganya dibunuh secara misterius satu tahun sebelum dan temannya Yoshino Takigawa. Mahiro yang dihubungi oleh Hakase Kusaribe, pemimpin klan Kusaribe yang tersisa terdampar di sebuah pulau padang pasir yang tidak diketahui oleh pengikutnya, dan setuju untuk membantu Hakase dalam pertukaran bantuannya untuk mengetahui pelakunya atas kematian keluarganya. Setelah mengetahui niat temannya, Yoshino bergabung dengan dia pada quest untuk melawan klan Kusaribe yang berniat untuk terjaga “Pohon Zetsuen” yang kekuasaannya dapat membawa kehancuran bagi seluruh dunia.
