Zoku Natsume YuujinchouIni adalah kisah kelanjutan dari Natsume Takashi yang dapat melihat youkai dan pengawalnya Madara yang dinamai Nyanko-sensei. Natsume berniat mengembalikan nama di Buku Persahabatan yang diwariskan oleh neneknya, Reiko. Melalui petualangannya ia bertemu dengan berbagai jenis youkai, ada yang baik, ada yang ingin mencuri Buku Persahabatan dan adapula yang ingin membunuhnya.